2030-ban, még ha a számítógépesítés általánossá válásával és az információs hálózatok kifinomultabbá válásával a fény és az elektronok egy irányba koncentrálódnak is, addigra a „magányos ember” összegégként „egyénné” válik. Ez egy olyan korszak, amikor még nem számítógépesítik. A film a „9. közbiztonsági osztály” (közismert nevén „Ghost in the Shell”) tevékenységét ábrázolja, amelyet a belügyminisztérium közvetlen irányítása alatt független ellenérdekű hírszerző egységként hoztak létre a bonyolult bűncselekmények elleni küzdelem érdekében. Számos titkos küldetésük van, például számítógépes bűncselekmények kivizsgálása, terrorizmus megelőzése/letartóztatása, VIP-ek védelme és korrupció felderítése, de egy eset kiemelkedik a többi közül.